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Die erste urkundliche Erwähnung des Dorfes, welches in einer Saaleaue liegt, erfolgte 1186 im Testament des Adligen
Hugo von Schönburg. Danach sollte sein Sohn Hermann die Einnahmen aus Scelsin vom Grafen Dedo erhalten.
Die ersten Nachweise für die Kirche im Ortsteil stammen aus dem Jahre 1226. Gegründet wurde sie durch Abt
Johannes von Sankt Georgen und geweiht durch Bischof Engelhard.
In den Jahren 1682 bis 1688 wurde das Aussehen der Kirche erheblich verändert. So erhielt der Kirchturm im Obergeschoss
rechteckige Fenster und im Untergeschoss Rundbogenfenster. Ferner wurde ein achteckiger Glockenstuhl auf den Turm
aufgesetzt. Im Jahre 1719 wurde an der Kirch über der Flachdecke ein Kirchenschiff errichtet und mit einigen
Gemälden versehen. Nachdem die Kirche im Laufe der Zeit immer mehr verfiel, wurde 1986 damit begonnen den Turm zu
sanieren. Gleichzeitig erhielten die Dächer eine neue Eindeckung. Bei diesen Arbeiten wurde in der Kugel der
Wetterfahne ein kleiner Silberschatz entdeckt.
Nordwestlich des Ortsteils befindet sich auf einen Berg eine Bockwindmühle. Diese gelangte im Jahre 1870 nach
Schellsitz und war 1801 in Merane erbaut worden. Die Mühle diente hier ab 1870 dem Mahlen von Getreide.
Nachdem die Mühle im Jahre 1991 restauriert wurde, kann sie heute nach Voranmeldung besichtigt werden.
Ein Großbrand ereignete sich am 01. September 1913 auf dem Gelände des Fuhrmannschen Gehöfts. Das im Wohnhaus ausgebrochene Feuer griff schnell um sich und
erfasste in der Folge die Scheune sowie ein Seitengebäude eines Nachbarn. Trotz des schnellen Einsatzes zahlreicher Feuerwehren brandten das Wohnhaus und die Scheune
vollständig nieder.
Am 12. November 1946 gründete sich der Schellsitzer Männerchor.
Im Jahre 1950 wird das Dorf nach Naumburg eingemeindet.
Durch den Einsatz vieler Bürger von Schellsitz wurde in den Jahren 1984-1987 ein Bürgerhaus errichtet.
Ein Jahrhunderthochwasser sorgt im April 1994 dafür, daß der Ortsteil fast in den Fluten der Saale
verschwindet. Nur durch den Einsatz vieler Einwohner von Naumburg und aller Bewohner sowie der Unterstützung durch die
Bundeswehr konnte dies verhindert werden. Rund 15.000 Sandsäcke wurden dabei auf die Deichkrone aufgeschichtet, um
diesen zu erhöhen und zu stabilisieren. Am 14. April erreichte der Saalepegel mit einen Stand von 6,35 Metern seinen
Höchststand. In Folge dieses Hochwassers wurde der Damm, welcher den Ortsteil schützt 1999 erhöht.
Im Jahre 1999 wurde erstmals ein eigener Ortschaftsrat gewählt, welcher die Interessen des ehemaligen Dorfes
vertritt und so die Geschicke in dem Ortsteil besser lenken kann.
Seit 2002 kümmert sich der Schellsitzer Fährverein wieder um die Fährverbindung über die Saale.
Diese verbindet den Ortsteil mit dem am anderen Ufer befindlichen Felsenkeller. Der reguläre Betrieb war nach längerer Pause bereits im Herbst
2000 aufgenommen worden.
Der erste Nachweis aus einer solchen Fährverbindung stammt bereits aus dem Jahre 1926. 1992 wurde der Fährbetrieb,
nach 17-jähriger Stillegung, durch die Stadt Naumburg wieder aufgenommen.
Fährzeiten: April bis Oktober sonnabends und sonntags vom 10:00 bis 18:00 Uhr oder nach Voranmeldung beim Verein
Um die Attraktivität des Ortsteils weiter zu erhöhen, fanden in den letzten Jahren umfangreiche Sanierungs-
und Umgestaltungsmaßnahmen in Schellsitz statt. So wurde unter anderen 2003 der Vorplatz vor dem Bürgerhaus neu
gestaltet.