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Die erste nachweisbare Erwähnung von Wettaburg stammt vermutlich aus dem Jahre 766. Demnach soll der
Frankenkönig Pippin III. in diesen Jahr in der Nähe der Weidahaburc slawische Stämme vernichtend geschlagen
haben. Zur Klärung ob es sich dabei um die Wettaburg die dem Ortsteil seinen Namen gab handelt, bedarf es noch
weitergehender Forschungen.
Im 10. Jahrhundert wurde auf dem Kirschberg ein Gotteshaus, eine Wehrkirche, errichtet.
Aus dem Jahre 1432 wird berichtet, das man die Steine der verwüsteten Burg benutzte, um daraus eine Mühle
(Herrenmühle)zu errichten.
Die Burg befand sich etwa einen Kilometer nordöstlich des Ortsteils auf einen Plateaus. Die gesamte Anlage bestand aus
einer Vor- und Kernburg, welche als Rechteckbau errichtet worden waren. Beide Bauwerke der Anlage waren durch einen
Schutzgraben voneinander getrennt. Zum weiteren Schutz umgaben drei weitere Gräben die gesamte Burganlage.
Wie auch andere Ortsteile von Naumburg wurde Wettaburg mehrfach von der Pest heimgesucht. So geschah dies unter anderen
in den Jahren 1611 und 1613.
Während des Dreißigjährigen Krieges (1618-1648) kam es in Wettaburg zu zahlreichen Verwüstungen. Zu
den zerstörten Bauwerken zählte auch das Gotteshaus des Ortsteils.
In den Jahren 1752 und 1774 kam es zu großen Überschwemmungen in Wettaburg, wobei beim letzteren die Schule
des Ortes vollständig zerstört wurde.
Nachdem im Jahre 1776 auch das Pfarrhaus durch einen Brand vernichtet wurde, entschloss man sich auf dem Gelände eine
neue Schule zu errichten. Gleichzeitig richtete man für den Pfarrer in dem Gebäude eine Wohnung ein.
Im Oktober wurde der Ortsteil Wettaburg zusammen mit Beuditz und Meyhen nach Naumburg eingemeindet.
