Die Ekkehardinger-Markgrafen errichten auf dem Gelände des späteren Oberlandesgerichts eine "Neue Burg". Nach deren Fertigstellung um 1010 verlegen sie ihren Sitz von Gene (Großjena) in die Burg. Gleichzeitig siedeln die in Gene wohnenden Kaufleute und Handwerker nach Naumburg um, wodurch der Ort Gene mehr und mehr an Bedeutung verlor.
Nachdem Papst Johannes XIX. zustimmte, verlegte Kaiser Konrad II. seinen Sitz vom Bistum Zeitz ins besser gesicherte Naumburg in die Neue Burg. In der darüber ausgestellten Urkunde wird erstmals nachweislich der Ort Naumburg erwähnt.
Bischof Kadelohs gewährte den am ehemaligen Stammsitz in Gene ansässigen und an den neuen Stammsitz umsiedelnden Kaufleuten Zinsfreiheit für ihre Grundstücke, freies Verfügungsrecht und Handelsfreiheit. Die Ansiedlung erolgte zunächst in der Nähe des Domes und breitete sich über die Jahrhunderte immer weiter nach Osten aus.
Um diese Zeit herum fand die Weihe des frühromanischen Dom St. Peter und Paul statt. Die kreuzförmige Basilika stellt den ersten Naumburger Dombau dar und wurde in der Nähe der Neuen Burg errichtet. Der erste Dom wurde im 13. Jahrhundert wieder abgetragen, um Platz für den neuen spätromanisch-gotischen Dom zu schaffen.
Durch die Gestattung des Bischofs Walram einen Mühlgraben durch die Ländereien zu bauen, wird erstmals das Georgenkloster urkundlich erwähnt.
Papst Calixtus II. bestätigt die Besitzungen des Moritzklosters und sorgt damit für die erste Erwähnung dieses Klosters. Ferner verleiht er dem Naumburger Bischof das Recht Mitra und Rationale (Bischofmütze und -gewand) zu tragen.
Bischof Wichmann verleiht der Naumburger Kirche das Zollrecht.
Baubeginn für die Domkirche.
Erste urkundliche Erwähnung der Stadtkirche Sankt Wenzel durch Papst Gregor in einem Dokument an den Naumburger Bischof.
In der Ebstorfer Weltkarte findet die erste kartografische Darstellung Naumburgs statt.
Errichtung eines steinernen Turmes am heutigen Marktplatz durch einen Kaufmann, welcher diesen wahrscheinlich als Lagerplatz für Waren nutzte. Bei dem Objekt handelt es sich um das älteste noch fast vollständig erhaltene Gebäude der Bürgerstadt. In folgenden Jahrhunderten erfolgten mehrfach Um- und Anbauten an dem Turm, ehe die Stadt das Haus "Zur Hohen Lilie " 1991 als Eigentümer übernahm. Sodann mu&slig;te es wegen des schlechten baulichen Zustandes umfangreich saniert werden und beherrbergt heute das Stadtmuseum.
Durch einen Brand wird das Moritzkloster vollständig zerstört.
Auf Drängen der Domherren geht die Stadtkirche St. Wenzel in den Besitz des Domkapitels über.
Nachdem 1028 der bischäfliche Sitz von Zeitz nach Naumburg verlegt wurde, erfolgte nunmehr die Zurückverlegung der Residenz nach Zeitz.
Die Stadt und das Domkapitel erhalten vom Marktgrafen Friedrich zu Meißen das Recht ihr Gebiet jeweils mit Gräben, Wällen und Mauern zu sichern.
Erstmals wird das Naumburger Rathaus (praetorium) und Stadtrat in einem Schriftstück erwähnt. Das Rathaus befand sich südlich der Wenzelskirche am heutigen Standort des Schlösschen. Der Stadtrat tagte aber wahrscheinlich bereits seit dem 13. Jahrhundert.
Herren-, Marien-, Jakobs-, Viehstraße, Neu- und Salzgasse, Markt- und Reußenplatz, Wein- und Rosengarten sind erstmals urkundlich erwähnt.
Als erste Handwerker erhalten die Fleischer das Privileg eine Innung zu gründen.
Seit diesen Zeitpunkt bestehen Aufzeichnungen über alle Naumburger Stadträte.
Der Naumburger Bischof Heinrich räumt dem Naumburger Rat das Privileg der Schaffung und Überwachung eigener Rechte ein "was sie erdengken,
gerichten, gesetzen, geheyßen odir gebyten synen gnaden odir riche, gehorsam sin, verfolgen und halten"
Als eine der ersten Städte bestand der Naumburger Rat ab sofort aus 12 Mitgliedern, welche je zur Hälfte aus Reichen und Armen stammten.
Die Naumburger Bäcker erhalten das Recht eine Bäckerinnung zu gründen. Sodann erhalten sie durch ein bischöfliches Privileg die Erlaubnis ein
Stollengebäck herzustellen. Dies ist der erste schriftliche Nachweis (andere Jahresangabe 1330) über die Herstellung eines Stollengebäckes. Eine genaue
Rezeptur ist nicht überliefert.
Nachdem bisher die Ableistung des Treueeid gegenüber dem Bischof und dem Rat für die Ausübung eines Gewerbes ausreichte, war nunmehr auch das Bürgerrecht hierfür erforderlich.
Als drittes Handwerk in der Stadt erhielt das Schuhmacherhandwerk das Innungsprivileg.
Erster schriftlicher Nachweis über Rechnungen des Naumburger Rates. Gleichzeitig gibt es erste Hinweise auf Juden
in der Stadt, welche das Gebiet um die heutige Jüdengasse beanspruchen.
Ferner gibt es einen ersten Hinweis auf das Vorhandensein des Wenzelstores (Viehtor).
Um den Schutz der Handelswege weiterhin zu gewährleisten beteiligten sich zahlreiche Naumburger Bürger bei der
Erstürmung der Rudelsburg wobei diese teilweise zerstört wurde.
In einer Ratsrechnung werden die Naumburger Schützen erstmals urkundlich erwähnt. Die Schützen wurden in Kriegszeiten dazu eingesetzt die Stadt zu beschützen, da die Stadt Naumburg aufgrund ihrer Größe keine eigenen Soldaten zur Bewachung unterhielt. Das Privilegierte Bürgerschützencorp zählt damit zu den ältesten Schützenvereinigungen in Deutschland. Im Jahre 1945 musste sich der Verein auflösen, wurde ab dem Jahre 1949 innerhalb der Gesellschaft für Sport und Technik (GST) wieder aktiv.
Zwischen der heutigen Herrenstraße und dem Steinweg befindet sich das Herrentor, welches in diesem Jahr erstmals erwähnt wird.
Durch einen Schutzbrief von Kaiser Karl IV. wird der Naumburger Handel unter besonderen Schutz gestellt. Er entbietet allen Fürsten, Grafen, freien Herren, Rittern, Burggrafen, Amtleuten, Räten und Gemeinden, die Bürger der Stadt Naumburg im ganzen Reich und in Böhmen mit ihren Leib, Hab und Gut auf jede Weise zu schirmen und sie sicher zu geleiten.
Der Rat der Stadt kauft für 28 Groschen einen noch heute im Besitz der Stadt befindliches Trinkhorn.
Die Rechte Zoll zu erheben gehen vom Bischof Witticho auf die Stadt über.
Bei einem Brand am 18. März werden große Teile der Stadt zerstört. Unter anderem wurde das Rathaus, die
Wenzelskirche und Häuser in der Jüdengasse ein Raub der Flammen. Die Stadt erwirbt an der Westseite des heutigen
Marktplatzes 12 Grundstücke und beginnt dort mit dem Neubau des Rathauses.
Ferner erfolgt mit bischöflicher Genehmigung der Bau einer neuen Straße vom Jakobstor (Theaterplatz) bis zum
Salztor.
Erneut muß ein Bischof (Ullrich II.) aufgrund finanzieller Probleme ein Zollrecht der Stadt überlassen.